桥涵洞堵漏后，光堵好不代表万事大吉，还要做二次防水防护，才能彻底杜绝后患，尤其是在多雨和地下水丰富的地区。二次防水主要是在涵洞内部做整体防水涂层，增强抗渗性，防止新的漏水点出现，同时保护堵漏部位，延长使用寿命。
二次防水材料要选耐高压、抗老化的，水泥基渗透结晶型防水涂料是首选，这种材料能和混凝土结合，形成永久性的防水层，就算表面有轻微裂缝，也能自行修复。施工前，要把涵洞内部的混凝土表面清理干净，去除浮灰、油污，有蜂窝麻面的地方先用砂浆修补平整。然后用刷子把防水涂料均匀刷在表面，厚度不少于3毫米，要刷2到3遍，每遍之间要晾干，确保涂层牢固。阴阳角、施工缝这些重点部位，要多刷一遍，或者贴一层玻璃丝布增强。另外，在涵洞进出口处做截水沟，把雨水引到涵洞外面，减少雨水进入涵洞的量，从根源上减少漏水风险。二次防水完成后，要做闭水试验，把涵洞两端堵住，灌满水，观察48小时，要是没有漏水，才算完成。